گرومکس مخفف عبارت Groningen Machine for Chemical Simulations یک بسته نرم افزاری متن باز (Open Source) یا به عبارت دیگر یک موتور (Engine) بر پایه فیزیک کلاسیک و تحت لینوکس است که با هدف انجام شبیهسازیهای دینامیک مولکولی و کمینهسازی انرژی بر پایه محاسبات موازی توسعه یافته است. این مجموعهی نرم افزاری در شیمی محاسباتی و مدل سازی مولکولی نقش مهمی ایفا میکند. از ویژگیهای این نرم افزار میتوان به موارد زیر اشاره کرد:
۱. شبیهسازیها بر پایهی دینامیک کلاسیکاند.
۲. الکترونها در حالت پایهی خود قرار دارند.
۳. میدانهای نیرو تقریبیاند.
۴. در برهم کنشهای بلندبرد از بُرش (cut off) استفاده میشود.
۵. از شرایط مرزی دورهای PBC استفاده میشود.
در شبیهسازی با گرومکس ابتدا بایست یک پی دی بی فایل (pdb.) را که بیانگر موقعیت اولیهی اتمهای مولکول مورد نظر است فراهم شده (یک فایل pdb data bank را از جایی مانند این سایت دانلود میکنیم یا خود اقدام به ساخت فایل می نماییم)، سپس با استفاده از گرومکس میتوانیم مولکول مورد نظر را در صورت نیاز در حلال دلخواه خود حل نموده و یا حتی یونهایی را نیز به آن اضافه یا از آن کم کنیم. این نرم افزار قادر به کنترل تمام پارامترهای فیزیکی نظیر دما و فشار و ... است. پس از طی مراحل اولیه ذکر شده، با انتخاب آنسامبل مورد نظر کار شبیهسازی را به انجام رسانده و آنالیزهای مورد نیاز از بابت نوع توزیع یونها در محلول و نوع رفتار هر یک از یونها، شعاع میانگین، انرژی و سایر پارامترهای فیزیکی ِ مورد نیاز را بدست آورد.
معمولا شبیهسازیها در گرومکس در ابعاد بسیار کوچک (nm) و برای بازه های زمانی بسیار کوتاه (ps) است، اما با اعمال تقریب ها و بالا بردن توان محاسباتی این مقادیر قابلیت افزایش دارند.
برای کسب اطلاعات بیشتر و دانلود این نرم افزار از اینجا به سایت اصلی آن مراجعه فرمایید.
درصورتی که تمایل به ثبت سفارش برای انجام پروژه شبیهسازی یا برگزاری کارگاه و دوره آموزشی عمومی و خصوصی جهت یادگیری گرومکس را دارید، میتوانید با ما تماس بگیرید.